#!/bin/bash
BASE_DIR="/home/avezina/test/bkp/"

# Keep 2 directories
DIR_TO_REMOVE=`ls -C1 -t $BASE_DIR | awk 'NR>2'`
for DIR in $DIR_TO_REMOVE
do
  rm -Rf $BASE_DIR/$DIR
done

Malheureusement je n’ai pas trouvé comment mettre une variable pour le 2. Mais bon ce n’est pas trop simple à changer.